
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd">

<html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css">

p, li { white-space: pre-wrap; }

</style></head><body style=" font-family:'Sans Serif'; font-size:9pt; font-weight:400; font-style:normal;">

<p style="-qt-paragraph-type:empty; margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; "> </p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">You can try with:</p>

<p style="-qt-paragraph-type:empty; margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; "> </p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">LDFLAGS="-L <span style=" font-weight:600;">/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.0.080/compiler/lib/intel64"</span></p>

<p style="-qt-paragraph-type:empty; margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; "> </p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">in your configure line (or wherever libintlc.so.5 is). LD_LIBRARY_PATH is to find them at runtime, while LDFLAGS does it at compile time.</p>

<p style="-qt-paragraph-type:empty; margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; "> </p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">  Antonio</p>

<p style="-qt-paragraph-type:empty; margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; "> </p>

<p style="-qt-paragraph-type:empty; margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; "> </p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">On Thursday, September 05, 2013 05:33:12 PM Seungbum Koo wrote:<br /></p>

<p style=" margin-top:12px; margin-bottom:0px; margin-left:40px; margin-right:40px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">I hope this to be the last question.<br /><br /></p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">While configuring, I see a warning message as follows from "config.log".<br /><br />======================================================<br />ld: warning: libintlc.so.5, needed by /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.0.080/compiler/lib/intel64/libifport.so.5, not found (try using -rpath or -rpath-link)<br />======================================================<br /><br /></p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">I googled a bit and found out that this is about an intel library issue. And it says about $LD_LIBRARY_PATH and so on.<br /><br /></p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">Well, but my $LD_LIBRARY_PATH has the directory where "libintlc.so.5" is.<br /><br />======================================================<br />simba@asterix:/opt/mpich/mpich-3.0.4-build$ echo $LD_LIBRARY_PATH <br /><span style=" font-weight:600;">/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.0.080/compiler/lib/intel64</span>:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.0.080/mpirt/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.0.080/ipp/../compiler/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.0.080/ipp/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.0.080/compiler/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.0.080/mkl/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.0.080/tbb/lib/intel64/gcc4.4<br />simba@asterix:/opt/mpich/mpich-3.0.4-build$<br />======================================================<br /><br /></p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">If I go on to "make", then it shows following warnings from the screen.<br /><br />======================================================<br />ld: warning: libimf.so, needed by /opt/mpich/mpich-3.0.4-build/src/mpl/.libs/libmpl.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)<br />ld: warning: libsvml.so, needed by /opt/mpich/mpich-3.0.4-build/src/mpl/.libs/libmpl.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)<br />ld: warning: libirng.so, needed by /opt/mpich/mpich-3.0.4-build/src/mpl/.libs/libmpl.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)<br />ld: warning: libintlc.so.5, needed by /opt/mpich/mpich-3.0.4-build/src/mpl/.libs/libmpl.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)<br />======================================================<br /><br /></p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">If I keep proceed and install MPICH, "mpiexec" seems to work. I tested with "cpi" in example.<br /><br /></p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">The problem is, when I try to install PETSc, it complains about the same issue (missing those *.so(.5) files) and don't configure any more.<br /><br /></p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">I tried "--download-mpich=1" option from PETSc without installing MPICH separately, but the result was the same. It keeps complaining those missing(?) files, which are actually in <span style=" font-weight:600;">/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.0.080/compiler/lib/intel64</span> directory.<br /><br /></p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">Does anyone has an idea what else can I do?<br /><br /></p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">Seungbum<br /></p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;"><br /><br /></p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">-- </p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">Antonio J. Peña</p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">Postdoctoral Appointee</p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">Mathematics and Computer Science Division</p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">Argonne National Laboratory</p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">9700 South Cass Avenue, Bldg. 240, Of. 3148</p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">Argonne, IL 60439-4847</p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">(+1) 630-252-7928</p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">apenya@mcs.anl.gov</p>

<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px; -qt-user-state:0;">www.mcs.anl.gov/~apenya</p></body></html>