<div dir="ltr">Using the configure option does the right thing. Thank you.<div><br></div><div>--Jiri</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Sep 13, 2013 at 10:23 PM, Rajeev Thakur <span dir="ltr"><<a href="mailto:thakur@mcs.anl.gov" target="_blank">thakur@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Or try configuring with the option --enable-nemesis-dbg-nolocal. It should disable shared memory communication in the build.<br>

<div><div class="h5"><br>
On Sep 13, 2013, at 8:17 PM, Jiri Simsa wrote:<br>
<br>
> Yes. To verify the behavior I wrote a simple test program:<br>
><br>
> #include "mpi.h"<br>
> #include <stdlib.h><br>
> #include <string.h><br>
><br>
> int main(int argc, char **argv) {<br>
>   char message[256];<br>
>   int rank;<br>
>   if (getenv("MPIR_PARAM_CH3_NO_LOCAL") != NULL) {<br>
>     printf("MPIR_PARAM_CH3_NO_LOCAL = %s\n", getenv("MPIR_PARAM_CH3_NO_LOCAL"));<br>
>   }<br>
>   MPI_Init(&argc, &argv);<br>
>   MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);<br>
>   if (rank == 0) { strncpy(message, "Hello!", strlen("Hello!")); }<br>
>   MPI_Bcast(message, strlen("Hello!"), MPI_CHAR, 0, MPI_COMM_WORLD);<br>
>   MPI_Finalize();<br>
>   printf("%d: %s\n", rank, message);<br>
>   return 0;<br>
> }<br>
><br>
> When I run it with "mpiexec -n 2 ./simple" I get the following output:<br>
><br>
> MPIR_PARAM_CH3_NO_LOCAL = 1<br>
> MPIR_PARAM_CH3_NO_LOCAL = 1<br>
> 0: Hello!<br>
> 1: Hello!<br>
><br>
> I have compiled mpich-3.0.4 with --enable-g=dbg,log and set the MPICH_DBG environment variable to FILE and the MPICH_DBG_LEVEL environment variable to VERBOSE. I am attaching the log file for the process 0, which shows (to the best of my understanding) that the broadcast uses fbox and memcpy to transfer the data.<br>

><br>
><br>
> On Fri, Sep 13, 2013 at 8:56 PM, Pavan Balaji <<a href="mailto:balaji@mcs.anl.gov">balaji@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
><br>
> Not really.  It shouldn't be using the nemesis fast box.  Are you setting the environment correctly?<br>
><br>
>  -- Pavan<br>
><br>
> On Sep 13, 2013, at 7:08 PM, Jiri Simsa wrote:<br>
><br>
> > To be more precise, I don't see any such call before MPI_Bcast() returns in the root. Is MPICH buffering the data to be broadcasted to some later point?<br>
> ><br>
> > --Jiri<br>
> ><br>
> ><br>
> > On Fri, Sep 13, 2013 at 7:55 PM, Jiri Simsa <<a href="mailto:jsimsa@cs.cmu.edu">jsimsa@cs.cmu.edu</a>> wrote:<br>
> > Well, it seems like it is copying data from "nemesis fastbox". More importantly, I don't see any call to socket(), connect(), and send(), sendto(), or sendmsg() that I would expect to be part of the data transfer.<br>

> ><br>
> > --Jiri<br>
> ><br>
> ><br>
> > On Fri, Sep 13, 2013 at 5:44 PM, Pavan Balaji <<a href="mailto:balaji@mcs.anl.gov">balaji@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> ><br>
> > Depends on what the memcpy is doing.  It might be some internal data manipulation.<br>
> ><br>
> >  -- Pavan<br>
> ><br>
> > On Sep 13, 2013, at 4:34 PM, Jiri Simsa wrote:<br>
> ><br>
> > > Hm, I have set that variable and then I have stepped through a program that calls MPI_Bcast (using mpiexec -n 2 <program> on a single node). The MPI_Bcast still seems to use memcpy() while I would expect it to use the sockets interface. Is the memcpy() to be expected?<br>

> > ><br>
> > > --Jiri<br>
> > ><br>
> > ><br>
> > > On Fri, Sep 13, 2013 at 10:25 AM, Pavan Balaji <<a href="mailto:balaji@mcs.anl.gov">balaji@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> > ><br>
> > > Yes, you can set the environment variable MPIR_PARAM_CH3_NOLOCAL=1.<br>
> > ><br>
> > >  -- Pavan<br>
> > ><br>
> > > On Sep 13, 2013, at 7:53 AM, Jiri Simsa wrote:<br>
> > ><br>
> > > > Pavan,<br>
> > > ><br>
> > > > Thank you for your answer. That's precisely what I was looking for. Any chance there is a way to force the intranode communication to use tcp?<br>
> > > ><br>
> > > > --Jiri<br>
> > > ><br>
> > > > Within the node, it uses shared memory.  Outside the node, it depends on the netmod you configured with.  tcp is the default netmod.<br>
> > > >  -- Pavan<br>
> > > > On Sep 12, 2013, at 2:24 PM, Jiri Simsa wrote:<br>
> > > > > The high-order bit of my question is: What OS interface(s) does MPICH use to transfer data from one MPI process to another?<br>
> > > > ><br>
> > > > ><br>
> > > > > On Thu, Sep 12, 2013 at 1:36 PM, Jiri Simsa <<a href="mailto:jsimsa@cs.cmu.edu">jsimsa@cs.cmu.edu</a>> wrote:<br>
> > > > > Hello,<br>
> > > > ><br>
> > > > > I have been trying to understand how MPICH implements collective operations. To do so, I have been reading the MPICH source code and stepping through mpiexec executions.<br>
> > > > ><br>
> > > > > For the sake of this discussion, let's assume that all MPI processes are executed on the same computer using: mpiexec -n <n> <mpi_program><br>
> > > > ><br>
> > > > > This is my current abstract understanding of MPICH:<br>
> > > > ><br>
> > > > > - mpiexec spawns a hydra_pmi_proxy process, which in turn spawns <n> instances of <mpi_program><br>
> > > > > - hydra_pmi_proxy process uses socket pairs to communicate with the instances of <mpi_program><br>
> > > > ><br>
> > > > > I am not quite sure though what happens under the hoods when a collective operation, such as MPI_Allreduce, is executed. I have noticed that instances of <mpi_program> create and listen on a socket in the course of executing MPI_Allreduce but I am not sure who connects to these sockets. Any chance someone could describe the data flow inside of MPICH when a collective operation, such as MPI_Allreduce, is executed? Thanks!<br>

> > > > ><br>
> > > > > Best,<br>
> > > > ><br>
> > > > > --Jiri Simsa<br>
> > > > ><br>
> > > > > _______________________________________________<br>
> > > > > discuss mailing list     <a href="mailto:discuss@mpich.org">discuss@mpich.org</a><br>
> > > > > To manage subscription options or unsubscribe:<br>
> > > > > <a href="https://lists.mpich.org/mailman/listinfo/discuss" target="_blank">https://lists.mpich.org/mailman/listinfo/discuss</a><br>
> > > > --<br>
> > > > Pavan Balaji<br>
> > > > <a href="http://www.mcs.anl.gov/~balaji" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/~balaji</a><br>
> > ><br>
> > > --<br>
> > > Pavan Balaji<br>
> > > <a href="http://www.mcs.anl.gov/~balaji" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/~balaji</a><br>
> > ><br>
> > ><br>
> ><br>
> > --<br>
> > Pavan Balaji<br>
> > <a href="http://www.mcs.anl.gov/~balaji" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/~balaji</a><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
><br>
> --<br>
> Pavan Balaji<br>
> <a href="http://www.mcs.anl.gov/~balaji" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/~balaji</a><br>
><br>
><br>
</div></div>> <dbg0-7f997b82eb40.log>_______________________________________________<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">> discuss mailing list     <a href="mailto:discuss@mpich.org">discuss@mpich.org</a><br>
> To manage subscription options or unsubscribe:<br>
> <a href="https://lists.mpich.org/mailman/listinfo/discuss" target="_blank">https://lists.mpich.org/mailman/listinfo/discuss</a><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>