<html>
<head>
<meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
http-equiv="Content-Type">
</head>
<body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
Hi Reuti and thanks <br>
<br>
In both cases, terminal or cron, I run the script as a normal user
(meteo). The executable is a symbolic link to the actual rams60
owned by root (build with <i>sudo make</i>). Didn't mention we are
on Ubuntu 12.04.<br>
<br>
lrwxrwxrwx 1 meteo meteo 39 mar 12 11:57 rams60 ->
/usr/local/rams60/build/60/rams-6.0-opt<br>
<br>
-rwxr-xr-x 1 root root 5009008 jun 11 11:34
/usr/local/rams60/build/60/rams-6.0-opt<br>
<br>
Sorry but don't know about queuing system, I'm not an expert in
system administration but a meteorologist working with computers.<br>
<br>
Thanks<br>
<br>
<div class="moz-cite-prefix">El 11/06/2014 11:24, Reuti escribió:<br>
</div>
<blockquote
cite="mid:7D9835B1-66C9-4A4E-8CE2-4F0C88ECF664@staff.uni-marburg.de"
type="cite">
<pre wrap="">Hi,
Am 11.06.2014 um 10:55 schrieb Francisco Pastor:
</pre>
<blockquote type="cite">
<pre wrap="">Hi mpich users
I know I am using an old version of mpich but this one has been working for a long time so when building a new cluster we decided to use the same one. The point is that we have installed RAMS meteorological model with mpich2-1.0.5 and it runs fine when running from console but not with cron or at.
</pre>
</blockquote>
<pre wrap="">
Is it running at root then or by a normal user? The path may be different when starting with these methodes too.
As it's a new cluster: did you look into the option to install a queuing system?
-- Reuti
</pre>
<blockquote type="cite">
<pre wrap="">If the script that runs the model is scheduled with cron it just starts processes on the main node but not in the rest of the cluster nodes.
While waiting for your help I will try to upgrade to a newer mpich version.
I can't find the reason why this is happening, probably I made some mistake. Can you help me? Any idea will be welcome and tried.
Following I attach some information that could be useful to understand my problem.
meteo@ventus:~$ mpich2version
Version: 1.0.5
Device: ch3:sock
Configure Options:
CC: gcc
CXX: c++
F77: f95
F90: f95
Processes in the main node when run with `at`
meteo@ventus:~/RAMS/RUN$ ps -ef | grep rams
meteo 20324 18460 0 09:32 ? 00:00:00 python2 /usr/local/mpich2-1.0.5p4/bin/mpirun -envall -n 40 ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
meteo 20331 20326 0 09:32 ? 00:00:00 ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
meteo 20332 20327 0 09:32 ? 00:00:00 ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
meteo 20333 20328 0 09:32 ? 00:00:00 ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
meteo 20334 20329 0 09:32 ? 00:00:00 ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
meteo 20335 20330 0 09:32 ? 00:00:00 ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
meteo 20336 20325 0 09:32 ? 00:00:00 ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
meteo 20343 18113 0 09:33 pts/4 00:00:00 grep --color=auto rams
log of mpirun
meteo@ventus:~/RAMS/RUN$ cat log_rams_operatiu-INITIAL-20140611-0000
in main 1024
numarg: 2
in main 1024
numarg: 2
in main 1024
numarg: 2
in main 1024
numarg: 2
in main 1024
numarg: 2
in main 1024
numarg: 2
in main 1024
numarg: 2
in main 1024
numarg: 2
par init numargs: 3 ./rams60 1024 0
par init args: 0 argvp[i] ./rams60
par init args: 1 argvp[i] -f
par init args: 2 argvp[i] RAMSIN.operatiu
par init RAMS_MPI defined
par init numargs: 3 ./rams60 1024 0
par init args: 0 argvp[i] ./rams60
par init args: 1 argvp[i] -f
par init args: 2 argvp[i] RAMSIN.operatiu
par init RAMS_MPI defined
par init numargs: 3 ./rams60 1024 0
par init args: 0 argvp[i] ./rams60
par init args: 1 argvp[i] -f
par init args: 2 argvp[i] RAMSIN.operatiu
par init RAMS_MPI defined
par init numargs: 3 ./rams60 1024 0
par init args: 0 argvp[i] ./rams60
par init args: 1 argvp[i] -f
par init args: 2 argvp[i] RAMSIN.operatiu
par init RAMS_MPI defined
par init numargs: 3 ./rams60 1024 0
par init args: 0 argvp[i] ./rams60
par init args: 1 argvp[i] -f
par init args: 2 argvp[i] RAMSIN.operatiu
par init RAMS_MPI defined
par init numargs: 3 ./rams60 1024 0
par init args: 0 argvp[i] ./rams60
par init args: 1 argvp[i] -f
par init args: 2 argvp[i] RAMSIN.operatiu
par init RAMS_MPI defined
par init numargs: 3 ./rams60 1024 0
par init args: 0 argvp[i] ./rams60
par init args: 1 argvp[i] -f
par init args: 2 argvp[i] RAMSIN.operatiu
par init RAMS_MPI defined
par init numargs: 3 ./rams60 1024 0
par init args: 0 argvp[i] ./rams60
par init args: 1 argvp[i] -f
par init args: 2 argvp[i] RAMSIN.operatiu
par init RAMS_MPI defined
Mpich options to compile RAMS model
MPI_PATH=/usr/local/mpich2-1.0.5p4
PAR_INCS=-I$(MPI_PATH)/src/include
PAR_LIBS=-L$(MPI_PATH)/lib/ -lmpich
PAR_DEFS=-DRAMS_MPI
Thank you very much for your help.
--
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Dr. Francisco Pastor
Meteorology department, Instituto Universitario CEAM-UMH
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mail: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:paco@ceam.es">paco@ceam.es</a>
skype: paco.pastor.guzman
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Parque Tecnologico, C/ Charles R. Darwin, 14
46980 PATERNA (Valencia), Spain
Tlf. 96 131 82 27 - Fax. 96 131 81 90
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