<html><head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div>The log files should be found in the directory where you execute the application. Did you run the application with debug options, -mpich-dbg=file -mpich-dbg-class=all -mpich-dbg-level=verbose?</div>
<div><br>
</div>
<div>— Sangmin</div>
<div><br>
</div>
<br>
<div>
<div>On Sep 16, 2014, at 11:05 AM, Abhishek Bhat <<a href="mailto:abhat@trinityconsultants.com">abhat@trinityconsultants.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Sangmin,<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">I configured the MPICH with revised code and included the additional options as described.  Where should I be looking for the log files?<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">I cannot see any files generated.<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Thank You<br>
Abhishek<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span></div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt 0.75pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; color: rgb(0, 64, 128);">………………………………………………………………………………………………….<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt 0.75pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<b><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; color: rgb(0, 64, 128);">Abhishek Bhat, PhD, EPI,<br>
</span></b><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; color: rgb(0, 64, 128);">Senior Consultant<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt 0.75pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 64, 128);"> </span></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span></div>
<div>
<div style="border-style: solid none none; border-top-color: rgb(225, 225, 225); border-top-width: 1pt; padding: 3pt 0in 0in;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<b><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">From:</span></b><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span class="Apple-converted-space"> </span>Seo, Sangmin [<a href="mailto:sseo@anl.gov" style="color: purple; text-decoration: underline;">mailto:sseo@anl.gov</a>]<span class="Apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Monday, September 15, 2014 12:43 PM<br>
<b>To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Abhishek Bhat<br>
<b>Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span><<a href="mailto:discuss@mpich.org" style="color: purple; text-decoration: underline;">discuss@mpich.org</a>><br>
<b>Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [mpich-discuss] Error Running MPICH for Photochemical Modeling<o:p></o:p></span></div>
</div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<o:p> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
Sorry, “./make” should have been “make”<o:p></o:p></div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
— Sangmin<o:p></o:p></div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
On Sep 15, 2014, at 12:40 PM, Seo, Sangmin <<a href="mailto:sseo@anl.gov" style="color: purple; text-decoration: underline;">sseo@anl.gov</a>> wrote:<o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<br>
<br>
<o:p></o:p></div>
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;">
<div>
<div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
Did you run dmesg on the node which executed the rank failed? I don't see any error message from your log file.<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
Anyway, let's try with MPICH DEBUG messages. As described in<a href="https://wiki.mpich.org/mpich/index.php/Debug_Event_Logging" style="color: purple; text-decoration: underline;">https://wiki.mpich.org/mpich/index.php/Debug_Event_Logging</a>, first configure
 MPICH with "--enable-g=dbg,log" to enable event logging and built it. For example,<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
$ ./configure --prefix=$INSTALL_DIR --enable-g=dbg,log<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
$ ./make -j8<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
$ ./make install<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
Then, execute your application with additional options, "-mpich-dbg=file -mpich-dbg-class=all -mpich-dbg-level=verbose." With the recent MPICH, you don't need to use mpdboot. Just execute your application with mpiexec like:<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
mpiexec -machinefile nodes -np $NUMPROCS $EXEC -mpich-dbg=file -mpich-dbg-class=all -mpich-dbg-level=verbose<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
This will generate log files, such as dbg0-xxxx.log, dbg1-xxxx.log, etc. Since the log files may be large, it would be difficult to send them to us. If so, please take a look at each file, find error messages, and send the error message to us.<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
And, if you can reproduce the same error with small code, it will be really helpful to figure out your problem. Could you write a simplified code and send us the code?<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
Regards,<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
Sangmin<o:p></o:p></div>
</div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<o:p> </o:p></div>
<div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
On Sep 15, 2014, at 10:58 AM, Abhishek Bhat <<a href="mailto:abhat@trinityconsultants.com" style="color: purple; text-decoration: underline;">abhat@trinityconsultants.com</a>> wrote:<o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<br>
<br>
<o:p></o:p></div>
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;">
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Sangmin,</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Please see attached the logs from demsg.  I apologies but I am not a computer expert so it’s all Greek to me.. Can you please see if you can find any error or reason for the failure?</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Thank You</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Abhishek</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin-left: 0.75pt;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; color: rgb(0, 64, 128);">………………………………………………………………………………………………….</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin-left: 0.75pt;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<b><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; color: rgb(0, 64, 128);">Abhishek Bhat, PhD, EPI,<br>
</span></b><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; color: rgb(0, 64, 128);">Senior Consultant</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin-left: 0.75pt;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 64, 128);"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="border-style: solid none none; border-top-color: rgb(225, 225, 225); border-top-width: 1pt; padding: 3pt 0in 0in;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<b><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"> </span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">Seo,
 Sangmin [<a href="mailto:sseo@anl.gov" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: purple;">mailto:sseo@anl.gov</span></a>]<span class="apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Monday, September 15, 2014 9:21 AM<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Abhishek Bhat<br>
<b>Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span><<a href="mailto:discuss@mpich.org" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: purple;">discuss@mpich.org</span></a>><br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [mpich-discuss] Error Running MPICH for Photochemical Modeling</span><o:p></o:p></div>
</div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
 <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
Can you run dmesg on the node of rank 1, which is killed by signal 9, after you execute your application? You can find the reason that the process is killed at the end of dmesg output, e.g., out of memory.<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
 <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
— Sangmin<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
 <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
 <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
On Sep 14, 2014, at 12:37 PM, Abhishek Bhat <<a href="mailto:abhat@trinityconsultants.com" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: purple;">abhat@trinityconsultants.com</span></a>> wrote:<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></div>
</div>
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;">
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Because the application works when less intensive runs and fails for more intensive runs, it is likely that the application is requesting too many resources.  When\where should I run ulimit –a and
 dmesg, after I get the error?  If that is true, is there any way to change the environment in MPI to increase the capacity so that the increased resources can be accommodated?</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">If I run it in new terminal – here is what I get</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">core file size          (blocks, -c) 0</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">data seg size           (kbytes, -d) unlimited</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">scheduling priority             (-e) 0</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">file size               (blocks, -f) unlimited</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">pending signals                 (-i) 250598</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">max locked memory       (kbytes, -l) 64</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">max memory size         (kbytes, -m) unlimited</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">open files                      (-n) 1024</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">pipe size            (512 bytes, -p) 8</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">POSIX message queues     (bytes, -q) 819200</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">real-time priority              (-r) 0</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">stack size              (kbytes, -s) 10240</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">cpu time               (seconds, -t) unlimited</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">max user processes              (-u) 1024</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">virtual memory          (kbytes, -v) unlimited</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">file locks                      (-x) unlimited</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">in my job, I try to set the stack size to – unlimited but I guess it is not working.</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Let me know.  Thank you for all the help.</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Abhishek</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin-left: 0.75pt;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; color: rgb(0, 64, 128);">………………………………………………………………………………………………….</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin-left: 0.75pt;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<b><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; color: rgb(0, 64, 128);">Abhishek Bhat, PhD, EPI,<br>
</span></b><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; color: rgb(0, 64, 128);">Senior Consultant</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin-left: 0.75pt;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 64, 128);"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="border-style: solid none none; border-top-color: rgb(225, 225, 225); border-top-width: 1pt; padding: 3pt 0in 0in;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<b><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"> </span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">Seo,
 Sangmin [<a href="mailto:sseo@anl.gov" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: purple;">mailto:sseo@anl.gov</span></a>]<span class="apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Sunday, September 14, 2014 11:16 AM<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span><<a href="mailto:discuss@mpich.org" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: purple;">discuss@mpich.org</span></a>><br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [mpich-discuss] Error Running MPICH for Photochemical Modeling</span><o:p></o:p></div>
</div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
 <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
Abhishek,<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
 <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
Signal 9 is caused by many reasons, e.g., CPU time, out of memory, etc., but it is mostly because the application requests too many resources. You can check the environment settings with ulimit -a. And, you may find some information about your error from dmesg.<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
 <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
Thanks,<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
Sangmin<o:p></o:p></div>
</div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
 <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
 <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
On Sep 12, 2014, at 5:51 PM, Abhishek Bhat <<a href="mailto:abhat@trinityconsultants.com" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: purple;">abhat@trinityconsultants.com</span></a>> wrote:<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<br>
<br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></div>
</div>
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;">
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Sangmin.</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">I updated to mpich3 and getting the following error</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Fatal error in MPI_Recv: A process has failed, error stack:</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">MPI_Recv(187).............: MPI_Recv(buf=0x7fff93840c30, count=644490, MPI_REAL, src=1, tag=14131, MPI_COMM_WORLD, status=0x7fff94444f20) failed</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">dequeue_and_set_error(865): Communication error with rank 1</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">rank 1 in job 1  dfw-camx_55000   caused collective abort of all ranks</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">  exit status of rank 1: killed by signal 9</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Same situation, successful runs for smaller resource runs and for up to 7 processes.  Error at more than 7.  Here is the mpich command I am using to run from my job file…</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">cat << ieof > nodes</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">dfw-camx:1</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">dfw-camx-n1:1</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">dfw-camx-n2:1</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">dfw-camx-n3:1</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">dfw-camx-n4:1</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">dfw-camx-n5:1</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">dfw-camx-n6:1</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">dfw-camx-n7:1</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">ieof</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">set NUMPROCS =<span class="apple-converted-space"> </span><span style="color: red;">8</span></span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">set RING = `wc -l nodes | awk '{print $1}'`</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">mpdboot -n $RING -f nodes –verbose</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">if( ! { mpiexec -machinefile nodes -np $NUMPROCS $EXEC } ) then</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">   mpdallexit</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">   exit</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">endif</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">For a successful run the NUMPROCS has to be < = 7.</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Any help is much appreciated.</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Thank You</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Abhishek</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin-left: 0.75pt;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; color: rgb(0, 64, 128);">………………………………………………………………………………………………….</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin-left: 0.75pt;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<b><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; color: rgb(0, 64, 128);">Abhishek Bhat, PhD, EPI,<br>
</span></b><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; color: rgb(0, 64, 128);">Senior Consultant</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin-left: 0.75pt;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 64, 128);"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="border-style: solid none none; border-top-color: rgb(225, 225, 225); border-top-width: 1pt; padding: 3pt 0in 0in;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<b><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"> </span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">Seo,
 Sangmin [<a href="mailto:sseo@anl.gov" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: purple;">mailto:sseo@anl.gov</span></a>]<span class="apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Friday, September 12, 2014 1:11 PM<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span><<a href="mailto:discuss@mpich.org" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: purple;">discuss@mpich.org</span></a>><br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [mpich-discuss] Error Running MPICH for Photochemical Modeling</span><o:p></o:p></div>
</div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
 <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
Hi Abhishek,<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
 <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
Can you try with the recent MPICH release to see if the same error happens? You can download the recent release, 3.1.2, from <a href="http://www.mpich.org/downloads/" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: purple;">http://www.mpich.org/downloads/</span></a>.<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
 <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
Thanks,<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
Sangmin<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
 <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
 <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
On Sep 12, 2014, at 12:59 PM, Abhishek Bhat <<a href="mailto:abhat@trinityconsultants.com" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: purple;">abhat@trinityconsultants.com</span></a>> wrote:<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></div>
</div>
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;">
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">I am running a photochemical modeling on Linux cluster (CentOS_64 bit) with 1 master and 8 slave nodes with quad core (intel i7) on each node.  I have two scenarios, in first scenario, I am running
 less data intensive run on all 8 nodes (NUMPROCS = 9) and the run will go fine.  When running same configuration for a more intense run, I am getting following error.</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Fatal error in MPI_Recv: Other MPI error, error stack:</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">MPI_Recv(187).....................: MPI_Recv(buf=0x7fff989d53b0, count=644490, MPI_REAL, src=1, tag=14131, MPI_COMM_WORLD, status=0x7fff995d96a0) failed</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">MPIDI_CH3I_Progress(150)..........:</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">MPID_nem_mpich2_blocking_recv(948):</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">MPID_nem_tcp_connpoll(1720).......:</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">state_commrdy_handler(1556).......:</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">MPID_nem_tcp_recv_handler(1446)...: socket closed</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">rank 1 in job 1  dfw-camx_55000   caused collective abort of all ranks</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">  exit status of rank 1: killed by signal 9</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">If I run the program with smaller nodes (smaller than 7 NUMPROCS) the run goes fine.</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">It appears that the rank 1 (my first node) is collectively causing all the ranks, but I could identify why.  I tried following solutions –</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin-left: 0.5in;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; text-indent: -0.25in;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">1.</span><span style="font-size: 7pt;">      <span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Increased master memory to 32 gb</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin-left: 0.5in;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; text-indent: -0.25in;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">2.</span><span style="font-size: 7pt;">      <span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Increased all nodes memory to 32 gb</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin-left: 0.5in;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; text-indent: -0.25in;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">3.</span><span style="font-size: 7pt;">      <span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Exchanged the rank 1 to different node in
 the parallel.</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">In all situations, I am getting this error.  Surprisingly, when I am running smaller (less data intensive runs), I am not getting this error even if I increase the NUMPROCS to 32 processes.</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Any help will be highly appreciated.</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">I am running mpich 1.4</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Thank You<br>
Abhishek</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin-left: 0.75pt;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; color: rgb(0, 64, 128);">………………………………………………………………………………………………….</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin-left: 0.75pt;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<b><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; color: rgb(0, 64, 128);">Abhishek Bhat, PhD, EPI,<br>
</span></b><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; color: rgb(0, 64, 128);">Senior Consultant</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin-left: 0.75pt;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; color: rgb(0, 64, 128);"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin-left: 0.7pt;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<b><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; color: rgb(0, 64, 128);">Trinity Consultants</span></b><o:p></o:p></div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 6pt 0.7pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">12770 Merit Drive, Suite 900  |  Dallas, Texas 75251</span><o:p></o:p></p>
<div style="margin-left: 0.75pt;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Office: <span class="apple-converted-space"> </span><b><span style="color: rgb(194, 0, 0);">972-661-8100</span></b>|  Mobile:  806-281-7617</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin-left: 0.75pt;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;">Email: <span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:abhat@trinityconsultants.com" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: rgb(5, 99, 193);">abhat@trinityconsultants.com</span></a><u><span style="color: rgb(0, 64, 128);"> </span></u> | 
 LinkedIn: <a href="http://www.linkedin.com/in/abhattrinityconsultants" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: rgb(5, 99, 193);">www.linkedin.com/in/abhattrinityconsultants</span></a></span><o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin-left: 0.75pt;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif;"> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin-left: 0.75pt;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
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