<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><div dir="ltr">I did not find anything wrong in the log file.  The configure script detected the alignment of a Fortran common block with one integer is 16, as shown below<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><div><br>11968 configure:52396: gfortran -o conftest   -O2    conftest.f90 pac_conftest.o -lrt -lpthread   > pac_align1.log 2>&1</div><div><div>11969 configure:52396: $? = 0</div></div><div><div>11970 configure:52403: diff -b pac_align0.log pac_align1.log > pac_test.log</div></div><div><div>11971 configure:52406: $? = 0</div></div><div><div>11972 configure:52495: result: 16</div></div></blockquote>The odd numbers in the warning message "<span style="font-size:12.8000001907349px">_Cmpifcmb3, </span><span style="font-size:12.8000001907349px">_Cmpifcmb5, </span><span style="font-size:12.8000001907349px">_Cmpifcmb7, </span><span style="font-size:12.8000001907349px">_Cmpifcmb9" seem to suggest the actual alignment is affected by neighbor blocks, which I am not sure. </span><span style="font-size:12.8000001907349px">Could you try the new mpich-3.1.4 at <a href="http://www.mpich.org/downloads/">http://www.mpich.org/downloads/</a>? If the problem still exists, I can create a ticket.</span><div><span style="font-size:12.8000001907349px">BTW, if you do not need Fortran,  you can configure with --enable-fortran=none</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"> </span><br><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">--Junchao Zhang</div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 3, 2015 at 12:13 PM, Kush Patel <span dir="ltr"><<a href="mailto:kushpatel000@gmail.com" target="_blank">kushpatel000@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">I've attached the config.log file. Thanks for your help so far, Jeff.<br></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Mar 2, 2015 at 10:04 PM, Jeff Hammond <span dir="ltr"><<a href="mailto:jeff.science@gmail.com" target="_blank">jeff.science@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">For example, it helps to know what compiler you are using.<br>
<br>
Since MPICH contains absolutely no C++ outside of the now-deleted C++<br>
bindings, that doesn't matter.  I can only assume you are using the<br>
MPI C bindings.<br>
<br>
In the rare instance of Linux-related issues, the result of "uname -a"<br>
contains the important info.  I've never seen an MPICH bug that was<br>
specific to the Linux distro...<br>
<br>
Just attach your config.log and that will provide the information people need.<br>
<span><font color="#888888"><br>
Jeff<br>
</font></span><div><div><br>
On Mon, Mar 2, 2015 at 1:54 PM, Kush Patel <<a href="mailto:kushpatel000@gmail.com" target="_blank">kushpatel000@gmail.com</a>> wrote:<br>
> I'm not sure exactly what information you need, but here is what I know.<br>
><br>
> Environment: Debian<br>
> MPICH version: 3.0.4<br>
> Language: C++<br>
><br>
> In regards to that link, is the process just replacing the indicated source<br>
> files and reinstalling MPICH? Also it seems that issue was for Fortran90,<br>
> would the same procedure described work for C++?<br>
><br>
> Thank you.<br>
><br>
> On Mon, Mar 2, 2015 at 3:34 PM, Jeff Hammond <<a href="mailto:jeff.science@gmail.com" target="_blank">jeff.science@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>> You're going to need to provide more information for someone to help you.<br>
>><br>
>> I see this issue has been encountered in the past with PGI:<br>
>> <a href="http://trac.mpich.org/projects/mpich/ticket/1073" target="_blank">http://trac.mpich.org/projects/mpich/ticket/1073</a>.<br>
>><br>
>> Jeff<br>
>><br>
>> On Mon, Mar 2, 2015 at 1:31 PM, Kush Patel <<a href="mailto:kushpatel000@gmail.com" target="_blank">kushpatel000@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> > Hello,<br>
>> ><br>
>> > I'm having trouble getting a simple "Hello World" code to compile. The<br>
>> > following errors occur when I try to call MPI_INIT.<br>
>> ><br>
>> > /usr/bin/ld: Warning: alignment 16 of symbol `_Cmpifcmb3' in<br>
>> > /usr/local/lib/libmpich.a(setbot.o) is smaller than 32 in<br>
>> > /usr/local/lib/libmpich.a(setbotf.o)<br>
>> > /usr/bin/ld: Warning: alignment 16 of symbol `_Cmpifcmb5' in<br>
>> > /usr/local/lib/libmpich.a(setbot.o) is smaller than 32 in<br>
>> > /usr/local/lib/libmpich.a(setbotf.o)<br>
>> > /usr/bin/ld: Warning: alignment 16 of symbol `_Cmpifcmb7' in<br>
>> > /usr/local/lib/libmpich.a(setbot.o) is smaller than 32 in<br>
>> > /usr/local/lib/libmpich.a(setbotf.o)<br>
>> > /usr/bin/ld: Warning: alignment 16 of symbol `_Cmpifcmb9' in<br>
>> > /usr/local/lib/libmpich.a(setbot.o) is smaller than 32 in<br>
>> > /usr/local/lib/libmpich.a(setbotf.o)<br>
>> ><br>
>> > I have been unable to find a solution to this.<br>
>> ><br>
>> > Thank you,<br>
>> ><br>
>> > --<br>
>> > Kush Patel<br>
>> > University of Houston<br>
>> ><br>
>> > _______________________________________________<br>
>> > discuss mailing list     <a href="mailto:discuss@mpich.org" target="_blank">discuss@mpich.org</a><br>
>> > To manage subscription options or unsubscribe:<br>
>> > <a href="https://lists.mpich.org/mailman/listinfo/discuss" target="_blank">https://lists.mpich.org/mailman/listinfo/discuss</a><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> --<br>
>> Jeff Hammond<br>
>> <a href="mailto:jeff.science@gmail.com" target="_blank">jeff.science@gmail.com</a><br>
>> <a href="http://jeffhammond.github.io/" target="_blank">http://jeffhammond.github.io/</a><br>
>> _______________________________________________<br>
>> discuss mailing list     <a href="mailto:discuss@mpich.org" target="_blank">discuss@mpich.org</a><br>
>> To manage subscription options or unsubscribe:<br>
>> <a href="https://lists.mpich.org/mailman/listinfo/discuss" target="_blank">https://lists.mpich.org/mailman/listinfo/discuss</a><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Kush Patel<br>
> Doctoral Student - Bittner Group<br>
> University of Houston<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> discuss mailing list     <a href="mailto:discuss@mpich.org" target="_blank">discuss@mpich.org</a><br>
> To manage subscription options or unsubscribe:<br>
> <a href="https://lists.mpich.org/mailman/listinfo/discuss" target="_blank">https://lists.mpich.org/mailman/listinfo/discuss</a><br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Jeff Hammond<br>
<a href="mailto:jeff.science@gmail.com" target="_blank">jeff.science@gmail.com</a><br>
<a href="http://jeffhammond.github.io/" target="_blank">http://jeffhammond.github.io/</a><br>
_______________________________________________<br>
discuss mailing list     <a href="mailto:discuss@mpich.org" target="_blank">discuss@mpich.org</a><br>
To manage subscription options or unsubscribe:<br>
<a href="https://lists.mpich.org/mailman/listinfo/discuss" target="_blank">https://lists.mpich.org/mailman/listinfo/discuss</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div><font>Kush Patel</font><br></div>Doctoral Student - Bittner Group<br></div>University of Houston<br></div></div>
</div>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
discuss mailing list     <a href="mailto:discuss@mpich.org">discuss@mpich.org</a><br>
To manage subscription options or unsubscribe:<br>
<a href="https://lists.mpich.org/mailman/listinfo/discuss" target="_blank">https://lists.mpich.org/mailman/listinfo/discuss</a><br></blockquote></div><br></div>