<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><div dir="ltr">can anyone provide a simple example of launching mpich distribution application with SGE? and explain the integration of MPICH3 with lsf, sge....? <div><br></div><div>Thanks,</div><div>Shuwei</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 25, 2018 at 3:15 PM, Shuwei Zhao <span dir="ltr"><<a href="mailto:shuweizhao1991@gmail.com" target="_blank">shuweizhao1991@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi, <div><br></div><div>I'm a bit confused by the correct way for interacting mpiexec with sge. </div><div>here is my original way of interacting mpich2 with sge successfully but failed with mpich3. </div><div><br></div><div>1. using qsub submit 2 subjobs at the same time: </div><div>qsub -P bhosts - pe mt 1 ./myscript</div><div><span style="font-size:small;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">qsub -P bhosts - pe mt 1 ./myscript</span></div><div>2. Using lock file handle to a temporary file to decide master and slave. </div><div>3. Both master and slave echo host name to a hosts file. </div><div>4. run <font color="#000000">mpiexec -n 2 -f hosts ./mybinary</font><font color="#ff0000">(this one always fail)</font></div><div><font color="#000000">5.</font><font color="#ff0000"> </font><font color="#000000">I tried to change command in 4th to mpiexec </font><font color="#ff0000">-launcher sge</font><font color="#000000"> -n 2 -f hosts ./mybinary but also fails. </font></div><div> </div><div><span style="font-size:small;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline"><font color="#000000">as mpiexec -help says, mpiexec will automatically interact with resource manager like sge, lsf, I'm a bit confused about the right way to interact with sge. </font></span></div><div><span style="font-size:small;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline"><font color="#000000">do you know what's wrong with my application? </font></span><br></div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Shuwei</div></div>
</blockquote></div><br></div>