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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I’m running MPICH 4.1.2.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Should a MPI user-defined datatype created by MPI_Type_create_struct have the same size as the C++ object on which it is based? Comparing sizeof(cpp_obj) and the output
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">From MPI_Type_size(mpi_data_type_, &size1), the C++ object is four bytes larger than the MPI datatype. I don’t know if this is because I have to do something special to take
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">padding into account when I create the MPI user datatype.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Here is my C++ message class:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">struct MsgTupleSeq<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">{<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> static const int N_INDICES_MAX_ = 4; // culprit?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> int n_vars_;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> int n_ndxs_;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> short start_[N_INDICES_MAX_];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> short end_[N_INDICES_MAX_];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> short current_[N_INDICES_MAX_];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> long long n_tuples_;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> int unique_id_;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> int subordinate_id_;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> int opcode_;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> char error_msg_[512]; <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">}<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">That is 564 bytes for the non-static members, but such an object is 568 bytes long with the 4 bytes of padding that the compiler inserts.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I define the MPI user datatype with the code below, using the MsgTupleSeq object to compute the offsets. MPI_Type_size returns 564 bytes for the user datatype,
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">so it seems like it isn’t seeing the padding.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> MsgTupleSeq obj;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> MPI_Datatype mpi_data_type;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> int struct_len = 10, i = 0;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> int block_len[struct_len];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> MPI_Datatype types[struct_len];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> MPI_Aint displacements[struct_len];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> // the integer "n_vars_" member<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> block_len[i] = 1;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> types[i] = MPI_INT;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> displacements[i] = (size_t) &obj.n_vars_ - (size_t) &obj;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> // the integer "n_ndxs_" member<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ++i;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> block_len[i] = 1;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> types[i] = MPI_INT;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> displacements[i] = (size_t) &obj.n_ndxs_ - (size_t) &obj;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> // the short integer "start_" array member<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ++i;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> block_len[i] = N_INDICES_MAX_;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> types[i] = MPI_SHORT;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> displacements[i] = (size_t) &obj.start_ - (size_t) &obj;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> // the short integer "end_" array member<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ++i;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> block_len[i] = N_INDICES_MAX_;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> types[i] = MPI_SHORT;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> displacements[i] = (size_t) &obj.end_ - (size_t) &obj;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> // the short integer "current_" array member<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ++i;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> block_len[i] = N_INDICES_MAX_;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> types[i] = MPI_SHORT;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> displacements[i] = (size_t) &obj.current_ - (size_t) &obj;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> // the long long integer "n_tuples_" member<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ++i;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> block_len[i] = 1;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> types[i] = MPI_LONG_LONG;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> displacements[i] = (size_t) &obj.n_tuples_ - (size_t) &obj;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> // the integer "unique_id_" member<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ++i;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> block_len[i] = 1;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> types[i] = MPI_INT;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> displacements[i] = (size_t) &obj.unique_id_ - (size_t) &obj;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> // the integer "subordinate_id_" member<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ++i;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> block_len[i] = 1;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> types[i] = MPI_INT;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> displacements[i] = (size_t) &obj.subordinate_id_ - (size_t) &obj;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> // the integer "opcode_" member<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ++i;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> block_len[i] = 1;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> types[i] = MPI_INT;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> displacements[i] = (size_t) &obj.opcode_ - (size_t) &obj;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> // the char array "error_msg_" member<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ++i;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> block_len[i] = 512;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> types[i] = MPI_CHAR;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> displacements[i] = (size_t) &obj.error_msg_[0] - (size_t) &obj;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> MPI_Type_create_struct(struct_len, block_len, displacements, types, &mpi_data_type);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> MPI_Type_commit(&mpi_data_type);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
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