[mpich-discuss] Running mpi from bash script

[Francisco Pastor]

Hi Reuti

The point is that I am using a program, meteorological model RAMS, that 
was running fine with this mpich2 version. And it runs fine from the 
command line.

If the system works, should I upgrade? Will it work with my program? Can 
I install two different versions at the same time or should I delete the 
older one? Is there any chance to run

Thanks

El 17/04/2014 11:06, Reuti escribió:
> Hi,
>
> Am 17.04.2014 um 10:04 schrieb Francisco Pastor:
>
>> I need to daily run an mpi job from a bash script. I have prepared the script and run from the command line, this works fine. But when I try to execute at a later time with at (at -f my_script now +1 minute) the parallel processes do not start.
>>
>> These are the significant parts of my script:
>>
>> # path to mpi executables
>> ruta_mpi=/usr/local/mpich2-1.0.5p4/bin
> This version of MPICH is quite old. Please use a more recent one, where the necessity for starting an MPD beforehand does no longer exist.
>
> -- Reuti
>
>
>> # Function that checks if mpd processes are ok (checks mpdtrace output, five nodes should be up)
>> Comprueba_MPD()
>> {
>>   mpdtrace > log.mpd
>>   wc -l log.mpd > check.mpd
>>   check1=`awk '{ print $1 }' check.mpd`
>>   if [ $check1 -eq 5 ];
>>     then
>>        echo "Salida de mpdtrace correcta, hosts=$check1"
>>     else
>>        echo "Salida de mpdtrace incorrecta, hosts=$check1"
>>        $ruta_mpi/mpdboot -n 5 &
>>        sleep 10
>>        mpdtrace
>>   fi
>> }
>>
>>
>> # Run rams60 program with mpirun
>> time $ruta_mpi/mpirun -n 21 ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
>>
>> I am sure missing something but I can't find out what's going on.
>>
>> Thanks in advance
>>
>> -- 
>> -----------
>> Dr. Francisco Pastor
>> Meteorology department, Instituto Universitario CEAM-UMH
>> http://www.ceam.es
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>> Mendeley profile: http://www.mendeley.com/profiles/francisco-pastor1/
>> Google Scholar: http://scholar.google.com/citations?user=V3mmCdkAAAAJ&hl=es
>> Researcher ID: http://www.researcherid.com/rid/B-8331-2008
>> Cosis profile: http://www.cosis.net/profile/francisco.pastor
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>> mail: paco at ceam.es
>> skype: paco.pastor.guzman
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>> Parque Tecnologico, C/ Charles R. Darwin, 14
>> 46980 PATERNA (Valencia), Spain
>> Tlf. 96 131 82 27 - Fax. 96 131 81 90
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>> Este mensaje y los ficheros anexos son confidenciales. Los mismos contienen información reservada de la empresa que no puede ser difundida. Si usted ha recibido este correo por error, tenga la amabilidad de eliminarlo de su sistema y avisar al remitente mediante reenvío a su dirección electrónica; no deberá copiar el mensaje ni divulgar su contenido a ninguna persona.
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>> Su dirección de correo electrónico junto a sus datos personales forman parte de un fichero titularidad de la Fundación de la Comunidad Valenciana Centro de Estudios Ambientales del Mediterráneo - CEAM, con CIF: G-46957213, cuya finalidad es la de mantener el contacto con Ud. De acuerdo con la Ley Orgánica 15/1999, usted puede ejercitar sus derechos de acceso, rectificación, cancelación y, en su caso, oposición enviando una solicitud por escrito, acompañada de una fotocopia de su DNI dirigida a: Fundación de la Comunidad Valenciana Centro de Estudios Ambientales del Mediterráneo - CEAM. C/ Charles R. Darwin, 14. Parque Tecnológico.46980 PATERNA (Valencia).
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