[mpich-discuss] Running mpi from bash script

Francisco Pastor paco at ceam.es
Tue Apr 22 02:18:56 CDT 2014 

Hi and sorry for the delay in answering. I was out on holidays since Friday.

I recompiled the appication, just changing mpich2 path.

MPI_PATH=/usr/bin
PAR_INCS=-I/usr/local/include
PAR_LIBS=-L/usr/local/lib/ -lmpich
PAR_DEFS=-DRAMS_MPI

Thanks

El 17/04/2014 17:58, Reuti escribió:
> Hi,
>
> Am 17.04.2014 um 11:35 schrieb Francisco Pastor:
>
>> The point is that I am using a program, meteorological model RAMS, that was running fine with this mpich2 version. And it runs fine from the command line.
>>
>> If the system works, should I upgrade? Will it work with my program? Can I install two different versions at the same time or should I delete the older one? Is there any chance to run
> Well, using a new version usually means to recompile the application to gain advantage of it. Did you compile it on your own, or is this a binary you downloaded somewhere?
>
> -- Reuti
>
>
>> Thanks
>>
>> El 17/04/2014 11:06, Reuti escribió:
>>> Hi,
>>>
>>> Am 17.04.2014 um 10:04 schrieb Francisco Pastor:
>>>
>>>> I need to daily run an mpi job from a bash script. I have prepared the script and run from the command line, this works fine. But when I try to execute at a later time with at (at -f my_script now +1 minute) the parallel processes do not start.
>>>>
>>>> These are the significant parts of my script:
>>>>
>>>> # path to mpi executables
>>>> ruta_mpi=/usr/local/mpich2-1.0.5p4/bin
>>> This version of MPICH is quite old. Please use a more recent one, where the necessity for starting an MPD beforehand does no longer exist.
>>>
>>> -- Reuti
>>>
>>>
>>>> # Function that checks if mpd processes are ok (checks mpdtrace output, five nodes should be up)
>>>> Comprueba_MPD()
>>>> {
>>>>   mpdtrace > log.mpd
>>>>   wc -l log.mpd > check.mpd
>>>>   check1=`awk '{ print $1 }' check.mpd`
>>>>   if [ $check1 -eq 5 ];
>>>>     then
>>>>        echo "Salida de mpdtrace correcta, hosts=$check1"
>>>>     else
>>>>        echo "Salida de mpdtrace incorrecta, hosts=$check1"
>>>>        $ruta_mpi/mpdboot -n 5 &
>>>>        sleep 10
>>>>        mpdtrace
>>>>   fi
>>>> }
>>>>
>>>>
>>>> # Run rams60 program with mpirun
>>>> time $ruta_mpi/mpirun -n 21 ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
>>>>
>>>> I am sure missing something but I can't find out what's going on.
>>>>
>>>> Thanks in advance
>>>>
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