[mpich-discuss] Running mpi from bash script
Francisco Pastor
paco at ceam.es
Thu Apr 17 06:21:29 CDT 2014
Hi
I've installed a new MPICH version but the problem persists. I looked at
mpich.org download page, the version por Ubuntu 12.04 is mpich2-1.4.1
The problem still remains when running from batch. If I run my script
from command line everything works fine, if I launch the job with at no
processes appear on the cluster nodes and no output files are produced.
In master node some processes appear:
ps -ef | grep rams
meteo 8288 7559 0 13:03 ? 00:00:00 time /usr/bin/mpirun -n
40 -f machinefile ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
meteo 8289 8288 0 13:03 ? 00:00:00 /usr/bin/mpirun -n 40 -f
machinefile ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
meteo 8295 8290 0 13:03 ? 00:00:00 ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
meteo 8296 8290 0 13:03 ? 00:00:00 ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
meteo 8297 8290 0 13:03 ? 00:00:00 ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
meteo 8298 8290 0 13:03 ? 00:00:00 ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
meteo 8299 8290 0 13:03 ? 00:00:00 ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
meteo 8300 8290 0 13:03 ? 00:00:00 ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
meteo 8301 8290 0 13:03 ? 00:00:00 ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
meteo 8302 8290 0 13:03 ? 00:00:00 ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
Should I set some environment when launching the job?
Thanks
Paco
El 17/04/2014 11:06, Reuti escribió:
> Hi,
>
> Am 17.04.2014 um 10:04 schrieb Francisco Pastor:
>
>> I need to daily run an mpi job from a bash script. I have prepared the script and run from the command line, this works fine. But when I try to execute at a later time with at (at -f my_script now +1 minute) the parallel processes do not start.
>>
>> These are the significant parts of my script:
>>
>> # path to mpi executables
>> ruta_mpi=/usr/local/mpich2-1.0.5p4/bin
> This version of MPICH is quite old. Please use a more recent one, where the necessity for starting an MPD beforehand does no longer exist.
>
> -- Reuti
>
>
>> # Function that checks if mpd processes are ok (checks mpdtrace output, five nodes should be up)
>> Comprueba_MPD()
>> {
>> mpdtrace > log.mpd
>> wc -l log.mpd > check.mpd
>> check1=`awk '{ print $1 }' check.mpd`
>> if [ $check1 -eq 5 ];
>> then
>> echo "Salida de mpdtrace correcta, hosts=$check1"
>> else
>> echo "Salida de mpdtrace incorrecta, hosts=$check1"
>> $ruta_mpi/mpdboot -n 5 &
>> sleep 10
>> mpdtrace
>> fi
>> }
>>
>>
>> # Run rams60 program with mpirun
>> time $ruta_mpi/mpirun -n 21 ./rams60 -f RAMSIN.operatiu
>>
>> I am sure missing something but I can't find out what's going on.
>>
>> Thanks in advance
>>
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>> Dr. Francisco Pastor
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