[mpich-discuss] mpirun not running in batch mode.
Francisco Pastor
paco at ceam.es
Wed Jun 11 03:55:22 CDT 2014
Hi mpich users
I know I am using an old version of mpich but this one has been working
for a long time so when building a new cluster we decided to use the
same one. The point is that we have installed RAMS meteorological model
with mpich2-1.0.5 and it runs fine when running from console but not
with cron or at. If the script that runs the model is scheduled with
cron it just starts processes on the main node but not in the rest of
the cluster nodes.
While waiting for your help I will try to upgrade to a newer mpich version.
I can't find the reason why this is happening, probably I made some
mistake. Can you help me? Any idea will be welcome and tried.
Following I attach some information that could be useful to understand
my problem.
meteo at ventus:~$ mpich2version
Version: 1.0.5
Device: ch3:sock
Configure Options:
CC: gcc
CXX: c++
F77: f95
F90: f95
Processes in the main node when run with `at`
meteo at ventus:~/RAMS/RUN$ ps -ef | grep rams
meteo 20324 18460 0 09:32 ? 00:00:00 python2
/usr/local/mpich2-1.0.5p4/bin/mpirun -envall -n 40 ./rams60 -f
RAMSIN.operatiu
meteo 20331 20326 0 09:32 ? 00:00:00 ./rams60 -f
RAMSIN.operatiu
meteo 20332 20327 0 09:32 ? 00:00:00 ./rams60 -f
RAMSIN.operatiu
meteo 20333 20328 0 09:32 ? 00:00:00 ./rams60 -f
RAMSIN.operatiu
meteo 20334 20329 0 09:32 ? 00:00:00 ./rams60 -f
RAMSIN.operatiu
meteo 20335 20330 0 09:32 ? 00:00:00 ./rams60 -f
RAMSIN.operatiu
meteo 20336 20325 0 09:32 ? 00:00:00 ./rams60 -f
RAMSIN.operatiu
meteo 20343 18113 0 09:33 pts/4 00:00:00 grep --color=auto rams
log of mpirun
meteo at ventus:~/RAMS/RUN$ cat log_rams_operatiu-INITIAL-20140611-0000
in main 1024
numarg: 2
in main 1024
numarg: 2
in main 1024
numarg: 2
in main 1024
numarg: 2
in main 1024
numarg: 2
in main 1024
numarg: 2
in main 1024
numarg: 2
in main 1024
numarg: 2
par init numargs: 3 ./rams60 1024 0
par init args: 0 argvp[i] ./rams60
par init args: 1 argvp[i] -f
par init args: 2 argvp[i] RAMSIN.operatiu
par init RAMS_MPI defined
par init numargs: 3 ./rams60 1024 0
par init args: 0 argvp[i] ./rams60
par init args: 1 argvp[i] -f
par init args: 2 argvp[i] RAMSIN.operatiu
par init RAMS_MPI defined
par init numargs: 3 ./rams60 1024 0
par init args: 0 argvp[i] ./rams60
par init args: 1 argvp[i] -f
par init args: 2 argvp[i] RAMSIN.operatiu
par init RAMS_MPI defined
par init numargs: 3 ./rams60 1024 0
par init args: 0 argvp[i] ./rams60
par init args: 1 argvp[i] -f
par init args: 2 argvp[i] RAMSIN.operatiu
par init RAMS_MPI defined
par init numargs: 3 ./rams60 1024 0
par init args: 0 argvp[i] ./rams60
par init args: 1 argvp[i] -f
par init args: 2 argvp[i] RAMSIN.operatiu
par init RAMS_MPI defined
par init numargs: 3 ./rams60 1024 0
par init args: 0 argvp[i] ./rams60
par init args: 1 argvp[i] -f
par init args: 2 argvp[i] RAMSIN.operatiu
par init RAMS_MPI defined
par init numargs: 3 ./rams60 1024 0
par init args: 0 argvp[i] ./rams60
par init args: 1 argvp[i] -f
par init args: 2 argvp[i] RAMSIN.operatiu
par init RAMS_MPI defined
par init numargs: 3 ./rams60 1024 0
par init args: 0 argvp[i] ./rams60
par init args: 1 argvp[i] -f
par init args: 2 argvp[i] RAMSIN.operatiu
par init RAMS_MPI defined
Mpich options to compile RAMS model
MPI_PATH=/usr/local/mpich2-1.0.5p4
PAR_INCS=-I$(MPI_PATH)/src/include
PAR_LIBS=-L$(MPI_PATH)/lib/ -lmpich
PAR_DEFS=-DRAMS_MPI
Thank you very much for your help.
--
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Dr. Francisco Pastor
Meteorology department, Instituto Universitario CEAM-UMH
http://www.ceam.es
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Mendeley profile: http://www.mendeley.com/profiles/francisco-pastor1/
Google Scholar: http://scholar.google.com/citations?user=V3mmCdkAAAAJ&hl=es
Researcher ID: http://www.researcherid.com/rid/B-8331-2008
Cosis profile: http://www.cosis.net/profile/francisco.pastor
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mail: paco at ceam.es
skype: paco.pastor.guzman
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Parque Tecnologico, C/ Charles R. Darwin, 14
46980 PATERNA (Valencia), Spain
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