[mpich-discuss] mpirun not running in batch mode.

Francisco Pastor paco at ceam.es
Wed Jun 11 10:05:28 CDT 2014 

The relevant part of the script (RAMS_operatiu.bash) is

$ruta_mpi/mpirun -n 40 ./rams60 -f /home/meteo/RAMS/RUN/RAMSIN.operatiu 
 > $log-INITIAL-$hoy-$horasim
cat $log-INITIAL-$hoy-$horasim >> $log


Full script following (removed comments to shorten)

#!/bin/bash

#-----------------------------------------------------------------------------
#  RAMS_operatiu.bash
#-----------------------------------------------------------------------------

clear

# Exportacion de las rutas
ruta_rams=/home/meteo/RAMS
ruta_scripts=$ruta_rams/SCRIPTS
ruta_run=$ruta_rams/RUN
ruta_dp=$ruta_run/data
ruta_geodata=$ruta_run/geodata
ruta_hist=$ruta_run/HISTORY
ruta_log=$ruta_rams/LOGS/RAMS
ruta_flags=$ruta_rams/FLAGS
ruta_files=$ruta_rams/FILES
ruta_mpi=/usr/local/mpich2-1.0.5p4/bin

script="RAMS_operatiu.bash"

hoy=`date -u +%Y%m%d`

log="log_rams_operatiu"

#-------------------------------------------------------------------------------
# Funcition
#-------------------------------------------------------------------------------
Comprueba_MPD()
{
   $ruta_mpi/mpdtrace > log.mpd
   wc -l log.mpd > check.mpd
   check1=`awk '{ print $1 }' check.mpd`
   if [ $check1 -eq 5 ];
     then
        echo "Salida de mpdtrace correcta, hosts=$check1"
     else
        echo "Salida de mpdtrace incorrecta, hosts=$check1"
        echo "Se lanza de nuevo mpdboot"
        $ruta_mpi/mpdboot -n 5 &
        echo "Esperar 10 segons"
        sleep 10
        echo "Passat 10 segons"
        echo " "
        $ruta_mpi/mpdtrace
   fi
}


#-------------------------------------------------------------------------------
# INICIO DEL SCRIPT
#-------------------------------------------------------------------------------
cd $ruta_run
source .profile
# Horas y fechas
fecha_cabecera=`date '+%A %d de %B de %Y -- %H:%M:%S'`
Hora_Exec=`date '+%H'`

if [ $Hora_Exec -ge 5 ] && [ $Hora_Exec -lt 17 ]
then
     Hora_Sim=00
     horasim=0000
else
     Hora_Sim=12
     horasim=1200
fi

#  Pone la cabecera del archivo de registro.
echo "***************************************************************" > 
$log
echo "INICIO DEL SCRIPT $script " >> $log
echo "---------------------------------------------------------------" 
 >> $log
echo "Hora de inicio: $fecha_cabecera" >> $log
echo "***************************************************************" 
 >> $log


echo " " >> $log
echo "---------------------------------------------------------------" 
 >> $log
echo "Inicio de la ejecución del modelo RAMS" >> $log
echo "---------------------------------------------------------------" 
 >> $log

dia=`date -u +%d`
mes=`date -u +%m`
ano=`date -u +%Y`

# Paso 1: MKSFC

echo " " >> $log
echo "-------------------" >> $log
echo "Inicio paso MAKESFC" >> $log
echo "-------------------" >> $log

cp $ruta_files/RAMSIN.operatiu.base ./RAMSIN.base

sed "s/TIPUS/MAKESFC/g" RAMSIN.base > R1
sed "s/DIA/$dia/g" R1 > R2
sed "s/MES/$mes/g" R2 > R3
sed "s/ANIO/$ano/g" R3 > R4
sed "s/HORA/$horasim/g" R4 > RAMSIN.operatiu

./rams60 -f RAMSIN.operatiu > $log-MAKESFC-$hoy-$horasim
ultima_linea=`tail -n 1 $log-MAKESFC-$hoy-$horasim`
echo $ultima_linea > check.makesfc

check1=`awk '{ print $1 }' check.makesfc`
check2=`awk '{ print $2 }' check.makesfc`
check3=`awk '{ print $3 }' check.makesfc`

if [ $check1 = "MAKESFC" ] && [ $check2 = "run" ] && [ $check3 = 
"complete" ];
then
    echo " " >> $log
    echo "----------------------------------------------------" >> $log
    echo "El paso MAKESFC de simulación ha concluido con éxito" >> $log
    echo "----------------------------------------------------" >> $log
    echo " " >> $log
else
    echo " " >> $log
    echo "----------------------------------------------------" >> $log
    echo "El paso MAKESFC de simulación ha concluido con error" >> $log
    echo "----------------------------------------------------" >> $log
    echo " " >> $log
fi

rm check.makesfc

# Paso 2: MAKEVFILE

echo " " >> $log
echo "---------------------" >> $log
echo "Inicio paso MAKEVFILE" >> $log
echo "---------------------" >> $log

cp $ruta_files/RAMSIN.operatiu.base ./RAMSIN.base

sed "s/TIPUS/MAKEVFILE/g" RAMSIN.base > R1
sed "s/DIA/$dia/g" R1 > R2
sed "s/MES/$mes/g" R2 > R3
sed "s/ANIO/$ano/g" R3 > R4
sed "s/HORA/$horasim/g" R4 > RAMSIN.operatiu

./rams60 -f RAMSIN.operatiu > $log-MAKEVFILE-$hoy-$horasim
ultima_linea=`tail -n 1 $log-MAKEVFILE-$hoy-$horasim`
echo $ultima_linea > check.makevfile

check1=`awk '{ print $1 }' check.makevfile`
check2=`awk '{ print $2 }' check.makevfile`

if [ $check1 = "ISAN" ] && [ $check2 = "complete" ];
then
    echo " " >> $log
    echo "------------------------------------------------------" >> $log
    echo "El paso MAKEVFILE de simulación ha concluido con éxito" >> $log
    echo "------------------------------------------------------" >> $log
    echo " " >> $log
else
    echo " " >> $log
    echo "------------------------------------------------------" >> $log
    echo "El paso MAKEVFILE de simulación ha concluido con éxito" >> $log
    echo "------------------------------------------------------" >> $log
    echo " " >> $log
fi

rm check.makevfile

# Paso 3: INITIAL/HISTORY

if [ $modo -eq 1 ];
then
     tipus="INITIAL"
else
     tipus="HISTORY"
fi

echo " " >> $log
echo "---------------------" >> $log
echo "Inicio paso $tipus" >> $log
echo "---------------------" >> $log

cp $ruta_files/RAMSIN.operatiu.base ./RAMSIN.base

sed "s/TIPUS/$tipus/g" RAMSIN.base > R1
sed "s/DIA/$dia/g" R1 > R2
sed "s/MES/$mes/g" R2 > R3
sed "s/ANIO/$ano/g" R3 > R4
sed "s/HORA/$horasim/g" R4 > RAMSIN.operatiu

rm R1 R2 R3 R4

$ruta_mpi/mpirun -n 40 ./rams60 -f /home/meteo/RAMS/RUN/RAMSIN.operatiu 
 > $log-INITIAL-$hoy-$horasim
cat $log-INITIAL-$hoy-$horasim >> $log



# Final del script
fecha_final=`date '+%A %d de %B de %Y -- %H:%M:%S'`
echo " " >> $log
echo "---------------------------------------------------------------" 
 >> $log
echo "Hora de final: $fecha_final" >> $log
echo "---------------------------------------------------------------" 
 >> $log


El 11/06/2014 16:29, Lu, Huiwei escribió:
> Which is the script that runs mpi job? Could you give us the content of that script?
>
>

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Dr. Francisco Pastor
Meteorology department, Instituto Universitario CEAM-UMH
http://www.ceam.es
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Mendeley profile: http://www.mendeley.com/profiles/francisco-pastor1/
Google Scholar: http://scholar.google.com/citations?user=V3mmCdkAAAAJ&hl=es
Researcher ID: http://www.researcherid.com/rid/B-8331-2008
Cosis profile: http://www.cosis.net/profile/francisco.pastor
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mail: paco at ceam.es
skype: paco.pastor.guzman
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Parque Tecnologico, C/ Charles R. Darwin, 14
46980 PATERNA (Valencia), Spain
Tlf. 96 131 82 27 - Fax. 96 131 81 90


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